余懋衡，字持国．号少原。懋源沱川理坑村人。少年好学苦读。明万历二十年（1592 年）中进士．初授江西永新知县。在任洁己爱民，复学宫，凿石梁，为当地办了不少好事。任满．徵拜江西道监察御史。
当时，国家多次用兵，又建宫殿、修陵墓．耗费了大量资财，经费支绌。为了满足穷奢极侈的生活，神宗派出许多太监往全国各地充任殿工和矿税使。他们下去后骄横恣肆，无恶不作．闹得鸡犬不宁。余懋衡上疏极陈其弊害，要求罢矿税。殿工、矿税使本就是神宗派下去的，结果以“忤旨”罪．被罚停俸禄一年。不久，帝委其视察长芦盐政，一切例钱全部归公．赡养贫苦，赈济饥荒，受到了士民的热烈称烦。
万历三十四年（1606年），余懋衡巡按陕西。他发现陕西税监中官梁永（原皇宫御马监监丞）以钦差自居，假借巡视之名，横行霸道，劫掠各地富裕城镇．荼毒陕西。时梁永将搜刮的金银财宝，以十分之一进贡神宗收用．十分之九派亲信护送至京．由家转接收藏于京郊。余懋衡得知后极为愤慨，不顾自身安危。毅然将梁永奴役百姓、中饱私囊的罪行上奏朝廷．要求法办。然而，梁永是神宗面前的红人，他每年贡给神宗的金银珠宝，数量多得连神宗自己都感到意外．因此神宗认为梁永特忠心能干，极为赞赏余懋衡的上书没有奏效，但上书之事，却被梁永在京的太监亲信得之后密报。梁永因此对余懋衡怀恨在心，他惧怕恶行暴露，指使亲信乐纲买通余懋衡的司厨．投毒加害余懋衡使之中毒，幸抢救及时，脱险末死。次年正月，余懋衡将梁永买通司厨害己一事上疏，极论梁永之罪。在京的一些忠臣也纷纷弹劾梁永，言官攻（梁）永者数十疏。然神宗受梁永蒙蔽日久，全然不信。见此，余懋衡将查获的赃物、梁永爪牙录供的画押，铁证如山呈到神宗面前，使得神宗再也无法袒护，不得不下诏撤梁永陕西监税中官之职．仍让其回京师御马监养马。不久，余懋衡也丁忧归乡。
余懋衡在乡丁忧时，曾于室内紫阳书院、福山书院和清华富教堂讲学。由于余懋衡所宗的是朱熹理学，“研精天人性命之故，而约诸实践躬行”。
天启元年（1621 年），余懋衡召起为大理寺右寺丞．寻转大理寺左少卿，接着又升都察院右佥御史、左副都御史，后又改兵部左侍郎等职。他在任兵部左侍郎时，宦官魏忠贤的姻亲郭钦，由提督钻营升都督同知，此事被余懋衡驳寝。接着，魏忠贤又要求太监的子侄袭锦衣卫，也被他拒绝，因而魏忠贤等人对他非常恼恨。是年，余懋衡迁为南京吏部尚书，他五疏力辞未受命，第二年再授前职．因魏忠贤弄权，他称疾坚卧不出。魏忠贤黜全国书院，党徒张讷疏言：“天下书院最盛者无过东林、江右、关中、徽州”，而余懋衡为“大头目”之一，与邹元标、冯从吾、孙慎行“南北主盟，互相雄长”，于是请赐处分被削夺。魏党失势后，直到崇祯元年（1628 年）追叙其功，赐金帛，并复他南京吏部尚书官。但不久．即因病去世。卒后旨赐祭葬。郡县人士特祀于三贤祠。
余懋衡一生著述不少，较有名者是《 关中集》4卷 ，存目于《 四库全书》 集部别集类；此外，还著有《 奏议》 40 卷、《古方略》45 卷和《明新会志》 、《 少源语录》 、《 乾惕斋集》 、《 涧滨寝语》 、《 太和轩集》 、《 经翼）、（沱川乡约书）等。
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